由運輸業者仲介結算業務，通常需要額外支付手續費。因為運送方必須處理貨物與現款，會有遭遇強盜的憂慮。

支付貨款時送貨員可能沒有零钱可以找錢，尤其是有多件代收貨物時。可能為了找錢再次造訪收件人，甚至是拒絕交貨。最好事先準備好零錢。

對個人事業主或企業而言，必須和快遞企業簽約合作，並且每週或每月才結一次款項，造成資金周轉與成本增加的壓力[1]。

此外，可能收件人未確認內容物或無法當面確認內容物（通常收件時只能確認外包裝完整未損壞，運輸業者不對內容物負責）就直接付款，事後發現和訂購商品有出入而產生糾紛。基於法規這類情況可能無法求償[2]，亦有利用這點的詐騙手法存在。例如日本的貨到付款詐騙（代金引換郵便詐欺（日语：代金引換郵便詐欺））。因此有些業者在送貨收款後不會立刻將款項交給賣方，而會有段緩衝期以避免這類情形發生。

當買賣物品需使用超商貨到付款時，賣家寄出的貨物若是逾期未領，貨物將會被退回並由賣家承擔運費進而導致部分賣家不願意使用超商貨到付款。