波妞（ポニョ）

本電影主角，藤本和珂蘭曼瑪蓮的女兒。原本名布倫希爾蒂。有著人面魚身的外貌。

偷偷離開家時不小心讓自己的頭卡在玻璃罐裡，而這時救了她的就是宗介，宗介把她命名為「波妞」。

有著類似人類的臉而被辰奶奶稱為「人面魚」，因為舔了宗介的血液而成為半人魚。

對於不喜歡的人物會對著對方用嘴噴水，喜歡的食物是火腿，喜歡的人是宗介，最後為了他而捨棄魔法，變成人類。

宗介（宗介）

保育園「向日葵園」的5歲男孩。心胸寬廣又耿直，在懸崖下遇見波妞並決心要保護她，到最後則喜歡上她。

以名字來稱呼自己的父母（理莎、耕一）。

年齡雖僅5歲，但已能懂得如何發送摩斯電碼。

理莎（リサ）

宗介的母親。在日間護理服務中心「向日葵之家」工作。

性格開朗明快，平時開著被稱呼為「理莎車」（リサカー）的小汽車載著宗介到保育園及通勤，並有著豪邁的駕駛技術。

耕一（耕一）

宗介的父親。內航貨物船「小金井丸號」的船長，因為工作緣故不常在家，聚少離多。常使用摩斯電碼和家人對話。

珂藍曼瑪蓮（グランマンマーレ）

波妞的母親。官方設定為海洋之母。海上的船員們看到其閃亮的身姿稱其為「觀世音」。能自由改變自己的身體大小。

藤本（フジモト）

波妞的父親。以前是人類，現在是住在海裡的魔法師。

在海中駕駛自製的「姥鲨號」（ウバザメ号），有操縱水魚等魔物的力量及張開結界的能力。平時住在海底的珊瑚塔。

過去曾為海底兩萬里中鸚鵡螺號的成員，因迷戀珂藍曼瑪蓮而自願捨棄人類的身份投入海中生活。[8]

自1907年開始，用魔法淨化、精製海水，從中抽出「生命之水」，儲存在珊瑚塔裡的井，藤本想利用「生命之水」的力量，使地球再度來到如寒武紀的「海的時代」（希望可以藉此來結束憎恨的人類時代），不過卻被波妞奪去全部的「生命之水」。

在陸地上時為了防止皮膚乾燥，必須在周圍灑海洋深層水，被理莎誤認為是噴灑除草劑的怪人。

最後與宗介握手言和，並表示以後把波兒交給他照顧。

婦人（婦人）

波妞和宗介遇到的帶著孩子的女性。穩重大方。

波妞的妹妹們（ポニョの妹達）

非常喜歡姊姊。幫助波妞逃出。

辰&芳江&紀子（トキ&ヨシエ&のり子）

三者皆為在「向日葵之家」裡坐著輪椅（故事最後不再需要坐輪椅）的老奶奶們。

芳江與紀子兩人都與宗介關係良好。辰雖常在宗介前一副態度冷淡的模樣；但實際上也關心著宗介。